Andalucía es actualmente la comunidad autónoma que más instrumentos de apoyo pone a disposición de los empresarios y que con mayor intensidad financia sus proyectos de innovación y desarrollo. Entre estos instrumentos destacan los fondos Reembolsables y la Orden de Incentivos para el Fomento de la Innovación y el Desarrollo Empresarial de Andalucía, ambos gestionados por la Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía, IDEA, organismo adscrito a la Consejería de Economía, Innovación, Ciencia y Empresa.

En conjunto, estos instrumentos han permitido apoyar el desarrollo de 6.651 proyectos empresariales mediante un apoyo público de 700 millones de euros, que han permitido crear 24.900 empleos y generar una inversión empresarial privada de 3.232,6 millones de euros.

Los Fondos Reembolsables suponen un sistema revolucionario para la gestión de incentivos públicos. Andalucía (más concretamente, la Agencia de Innovación y Desarrollo de Andalucía IDEA) ha sido la primera comunidad autónoma en España en diseñar un conjunto de fondos cuya característica esencial es su carácter reintegrable, de modo que la Administración siempre recupera la inversión y puede reinvertirla en nuevos proyectos empresariales. Este cambio en el sistema andaluz de incentivos públicos se produjo en Andalucía en 2009, cuando la Junta de Andalucía, en consenso con los agentes sociales, inició un proceso de rediseño integral de los instrumentos de apoyo empresarial existentes, un nuevo modelo que, sin olvidar los sectores más tradicionales, centrara sus esfuerzos en aquellos sectores con un alto potencial tecnológico e innovador, impulsores de un nuevo modelo de Economía Sostenible, y en empresas con una dimensión adecuada para competir en una economía globalizada, respetando siempre el medio ambiente. El primer instrumento de estas características fue el Fondo Jeremie, la iniciativa más importante de ingeniería financiera del Programa FEDER. La iniciativa JEREMIE Andalucía es una de las 15 que con carácter piloto se han lanzado desde la Comisión Europea. JEREMIE es un Fondo de 246 millones de euros dirigido a financiar a las PYMES andaluzas hasta un máximo de 5.000.000€ por operación.

Tras él llegaron los Fondos Reembolsables, estos ya sin cofinanciación, cuyo objetivo es evitar que las actuales dificultades financieras impidan acometer en Andalucía cualquier proyecto empresarial que además de ser viable tenga un impacto estratégico en el tejido productivo de la Comunidad (en el empleo, en la innovación, la tecnología, el medio ambiente, etc.). El Programa de Fondos Reembolsables ofrece incentivos en forma de préstamos ordinarios o participativos, avales y participaciones en capital. Dotado con un presupuesto de más de 1.000 millones de euros, la Junta financia los 841 millones correspondientes a once fondos: Apoyo al Desarrollo Empresarial; Reestructuración Financiera de Empresas; Economía Sostenible; Generación de Espacios Productivos; Internacionalización; Eficiencia Energética; Emprendedores Tecnológicos; Industrias Culturales; Empresas Turísticas y Comerciales; Garantías y Avales, y Pymes Agroalimentarias.

Cada uno de estos fondos tiene un objeto muy concreto, desde el apoyo al desarrollo sostenible hasta la internacionalización, los grandes proyectos empresariales o el apoyo a los que están empezando. Hasta el momento, la Consejería de Economía, Innovación, Ciencia y Empleo, a través de la Agencia IDEA, ha incentivado con 317,8 millones de euros el desarrollo de 299 nuevos proyectos empresariales con 16.868 empleos afectos y que han comprometido una inversión privada de 1.121,6 millones de euros en el marco de los Fondos Reembolsables. Asimismo, la Agencia IDEA, ha incentivado con 379,4 millones de euros la puesta en marcha de 6.352 nuevos proyectos empresariales que han comprometido una inversión privada de 2.111,7 millones de euros y la creación de 8.031 nuevos puestos de trabajo en el marco de la Orden de Incentivos a la Innovación y el Desarrollo Empresarial desde diciembre de 2008. Esta Orden es financiada por la Subvención Global Innovación-Tecnología-Empresa de Andalucía 2007-2013, cofinanciada por el Fondo Europeo de Desarrollo Regional e incorporada en el Programa Operativo FEDER Andalucía 2007-2013. Del total de incentivo aprobado, cabe destacar que un 38% han tenido como destino proyectos de creación de nuevas empresas, el 39% se ha destinado a la modernización de las compañías solicitantes, el 14 % a proyectos de I+D+i y el resto se reparte entre el programa Innoempresa, Incentivos adicionales para empresas innovadoras de reciente creación y Cooperación Empresarial. No obstante, si se tienen en cuenta los proyectos de I+D+i más todos los proyectos, sean de la Línea que sean, que reciben una atención especial por incorporar elementos innovadores, el número de proyectos innovadores apoyados asciende a 3.337, que representan el 52,5% del total de los proyectos, concentrando el 65,7% del total del incentivo aprobado y, sobre todo, comprometiendo la creación de hasta 3.439 nuevos puestos de trabajo (42,8% del total) y una inversión privada de 1.301,9 millones de euros  (61,6% del total).