El Colegio de San Francisco de Paula ha obtenido el sello de calidad 400+ EFQM, otorgado por el Club Excelencia en Gestión, y se convierte de esta manera en el único centro educativo privado sevillano en disponer de esta certificación. Con este sello, la entidad certificadora reconoce la calidad de la totalidad de los procesos y actividades del Centro, a diferencia de otros reconocimientos obtenidos anteriormente como el ISO, el de la OBI y el de NWAC, que se centran básicamente en aspectos académicos y tutoriales.

El proceso para la obtención de este sello ha supuesto casi un año de trabajo y ha consistido en dos etapas. Primero el Centro llevó a cabo una autoevaluación, en el marco del modelo de excelencia EFQM con la supervisión de auditores autorizados del Grupo EIM, y en la que se obtuvo un total de 468 puntos. Por otro lado, el Colegio preparó y presentó una memoria que recogía los aspectos más significativos del Centro en relación con el modelo de gestión de la EFQM y cuyo contenido fue contrastado y verificado con una visita que los auditores realizaron en el Colegio, acordando establecer al Centro en la banda entre 401 y 450 puntos.

El próximo objetivo del Colegio de San Francisco de Paula es, además de renovar dentro de dos años esta certificación, solicitar en el futuro el sello de calidad 500+, lo que convertiría al Centro en el único colegio privado andaluz con este reconocimiento.

El Colegio ya tenía certificada la calidad de sus actividades y metodología académica según la norma de calidad ISO 9001:2000, tras ser auditado por la entidad certificadora independiente DNV. Concretamente, la acreditación alcanza la planificación de la actividad escolar, la enseñanza reglada para Primaria, Secundaria y Bachillerato, la transmisión de conocimientos, la difusión de valores, la evaluación del alumno y el seguimiento del alumno, por tanto, prácticamente toda su actividad académica. Igualmente, la Northwest Accreditation Commission (NWAC), prestigiosa agencia que supervisa los estándares de calidad de algunos de los mejores de Estados Unidos, Europa, África y Oriente Próximo, renovó en 2010 la acreditación de calidad ya concedida al Colegio en 2004. Esta entidad destacó, entre otras cuestiones, la elevada diversidad de metodologías didácticas, el esfuerzo innovador en nuevas tecnologías o el alto nivel de competencia de los alumnos en idiomas. Asimismo, el Colegio posee el reconocimiento por parte de la Organización del Bachillerato Internacional para impartir dos de sus tres programas educativos, el Programa de Años Intermedios y el Programa del Diploma.